На УСН Доходы выручка отражается в полной сумме оплаты, осуществленной покупателем, т.е. без уменьшения на комиссию банка (п. 1 ст. 346.15, п.п. 1 и 2 ст. 249 НК РФ; Письмо Минфина России от 28.07.2014 N 03-11-11/36937, письмо Минфина России № 03-11-11/54526 от 19.09.16).
То есть, в КУДиР заносится сумма, полученная от покупателя, в вашем случае, 1000 рублей, хотя вы и получаете по факту только 980 рублей. Но на УСН Доходы в принципе никакие расходы не учитываются.
А вот если бы вы работали на УСН Доходы минус расходы, то комиссия банка уменьшала бы налоговую базу.