Действительно, с 1 июля 2017 года при оплате через Яндекс Кассу нужно применять кассовый аппарат. Покупатель в этом случае получает только электронный чек. Яндекс Касса разместила соответствующую информацию на своем сайте.
Кассовые операции не имеют отношения к кассовому аппарату, эти документы надо вести только при оприходовании наличных денег. https://www.regberry.ru/malyy-biznes/kassovye-operacii