Здравствуйте, код субъекта указывать надо обязательно, что касается самого названия, то для Москвы, Санкт-Петербурга и Севастополя оно не указывается. При этом, если в рамках такого субъекта есть города как муниципальные образования (например, г. Зеленоград или г. Троицк) или другие населенные пункты (например, п. Внуково), то их указывают.