Главное условие регистрации ООО в квартире - это прописка руководителя или учредителя по этому адресу. Кроме того, даже при наличии прописки в договоре об ипотечном кредитовании может быть указан запрет на ведение в квартире предпринимательской деятельности.
Так что, в вашем случае регистрация ООО в квартире невозможна.