В соответствии с п. 8 «Правил государственной регистрации транспортных средств…» (утв. Постановлением Правительства РФ от 21.12.2019 № 1764) регистрация транспортных средств, принадлежащих юрлицам, производится по месту их государственной регистрации, либо адреса места нахождения их обособленных подразделений.

Таким образом, вы можете поставить приобретенный организацией автомобиль по месту нахождения её обособленного подразделения.