Запрет на совмещение работы по трудовому договору и предпринимательской деятельности установлен только для служащих. Есть должность не относится к перечню госслужащих, то запрета на регистрацию ИП нет. Узнайте, как вы будете числиться в штатном расписании, скорее всего, отношения к госслужбе эта должность не имеет.