Руководитель предприятия может иметь статус ИП. Если в качестве ИП он ведет деятельность, не относящуюся к юридическому лицу, то рисков никаких нет. Если же в качестве ИП он хочет управлять организацией, то тут есть свои сложности. Надо правильно оформлять договор на управленческие услуги, чтобы не получить обвинение в создании налоговой схемы.