Это обычная практика – ИП регистрируют в специализированных налоговых органах, а ставят на учет в инспекциях по месту жительства (прописки) предпринимателя. Например, все столичные ИП регистрирует 46-ая ИФНС, а на учете они стоят в территориальных инспекциях в разных городских округах. В других субъектах РФ регистрирующий орган может быть единственным на всю область, а предприниматели поставлены на учет по своим населенным пунктам и отчитываются в местную ИФНС.