Вы не должны были уменьшать авансовый платеж за 1 квартал на взносы, уплаченные во 2 квартале. Сейчас получается, что авансовый платеж за 1 квартал у вас уплачен не полностью. На разницу между начисленной и оплаченной суммой будут начисляться пени. Однако срок уплаты авансового платежа за 1 квартал - 25 апреля, т.е. вы еще успеете доплатить разницу без пени. А взносы, уплаченные во 2 квартале, вы можете вычесть из авансового платежа за 2 квартал.