Здравствуйте, вы правы, действительно, пунктом 3.1 статьи 346.21 Кодекса установлено, что авансовый платеж уменьшается на сумму взносов, уплаченных в отчетном периоде, и не имеет значения, за какой год они начислены.
Такая точка зрения (правда, здесь речь идет только об уплате в 2017 году взносов за 2016 год) отражена и в письме Минфина от 23 января 2017 г. N 03-11-11/3029: "Таким образом, если индивидуальный предприниматель, применяющий упрощенную систему налогообложения с объектом налогообложения в виде доходов и не производящий выплат и иных вознаграждений физическим лицам, уплатил за 2016 год страховые взносы в 2017 году в сроки, то такую сумму страховых взносов индивидуальный предприниматель вправе учесть при расчете налога, уплачиваемого в связи с применением упрощенной системы налогообложения, за соответствующий отчетный (налоговый) период 2017 года."
Однако в связи с передачей с 2017 года взносов под контроль ФНС, ситуация у вас более сложная. В ПФР взносы уже уплатить нельзя, поэтому о порядке уплаты взносов за прошедшие годы вам надо обратиться на консультацию в свою инспекцию.