Регистрация индивидуального предпринимателя происходит в налоговой инспекции по его прописке. В ИФНС по месту деятельности на ПСН вы становитесь на учет как плательщик патента, но учет ИП ведется в инспекции по месту прописки.
Взносы за себя ИП тоже вносит по месту прописки, только раньше это были взносы в ПФР, а теперь взносы собирает ФНС https://www.regberry.ru/nalogooblozhenie/fiksirovannyj-platezh-v-pension...
Таким образом, стоимость патента вы оплачиваете в инспекцию по месту деятельности, а взносы за себя - в ИФНС по месту регистрации ИП по прописке.