Но существует письмо ФНС в котором прямо указано что отсутствие адреса в КЛАДРЕ не является причиной для отказа в получении госуслуги. Как правильнее оформить заявление на регистрацию - указав в нем правильный адрес по прописке или адрес по КЛАДР?
Адрес которого нет.
350010 г. Краснодар, СНТ Кубаночка, ул. Кубанская (в КЛАДР есть еще две улицы Кубанских с другими индексами - они не имеют отношения к адресу прописки. В КЛАДР к адресу прописки относится запись:
350010, Краснодарский край, г. Краснодар, снт. Кубаночка - доуказать улицу невозможно выдает ошибку)

На всякий случай ссылка на письмо ФНС http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_167821/