Название населённого пункта вводится в соответствии с КЛАДР. Если вы заполняете документы с помощью нашего сервиса, то система сама предложит верное написание. Если же вы имеете в виду написание паспортных данных, то да, их надо вводить точно так, как они вписаны в паспорт. Здесь допускается склонение или другое изменение написания. Например, УФМС в г.Северодвинске.