Здравствуйте, форма Р13001 - это изменения учредительных документов. В электронном виде пакет документов и новая редакция устава подается, при условии заверения ЭЦП нотариуса,а не гендиректора. Нотариус в этом случае выдает лист записи ЕГРЮЛ с изменениями. Возможно, директору проще лично отнести документы в ИФНС, в том числе и нотариально заверенные.

Да, вы можете закончить процедуру увеличения уставного капитала, даже несмотря на опоздание со сроками, штрафа за это не будет. Дело в том, что статья 14.25 КоАП (штраф по ней 5 000 рублей) здесь не применяется, потому что пока не зарегистрированы изменения в устав. Единственный риск - что налоговая откажет в регистрации изменений, однако на практике в отношении увеличения УК это происходит редко. Если же увеличение уставного капитала не состоится, то ООО обязано вернуть участникам их вклады.

Согласно статье 24 закона "Об ООО" долю надо распределить в течение года. Не распределенные или не проданные в этот срок доля или часть доли в уставном капитале общества должны быть погашены, и размер уставного капитала общества должен быть уменьшен на величину номинальной стоимости этой доли или этой части доли. То есть, увеличить УК в таком случае нельзя.

Закон никак не ограничивает соотношение долей участников в уставном капитале. Допускается любая пропорция, в том числе и та, что вы указали.

Если вы имеете в виду, можно ли не заверять форму Р13001 у нотариуса, то нет. Налоговая не удостоверяет подпись заявителя в Р13001, как это происходит при подаче заявления Р11001. Уставный капитал вносится до подачи документов в ИФНС, об этом сказано в статье.