Единой официальной точки зрения по этому вопросу до сих пор не существует, подробности вы можете узнать в этой статье https://www.regberry.ru/registraciya-ooo/edinstvennyy-uchastnik-i-direkt...
Если трудовой договор будет заключен, то налогообложение директора-учредителя происходит на общих основаниях - НДФЛ 13% с зарплаты и начисление страховых взносов в размере 30% от выплачиваемых сумм. Система налогообложения на это не влияет.