Смена директора НКО происходит в два этапа: сначала Минюст проверяет документы, а потом передает информацию в ИФНС. Вам нужно обратиться в Минюст, если документы уже ушли в налоговый орган, то приостановить регистрацию, скорее всего, не получится. Если запись об этом лице внесут в ЕГРЮЛ, то придется заново проводить смену директора на реально действующее лицо.