Добрый день!
Да, можно. Протокол — это документ, который отражает ход собрания. Участники ООО могут обсуждать на одном общем собрании сразу все вопросы, которые входят в его компетенцию согласно закону «Об ООО» и Уставу.
Специально устраивать обсуждение разных вопросов на отдельных собраниях необходимости нет. Никаких ограничений на отражение в одном протоколе сразу всех вопросов не установлено.