Посмотрите, написано ли что-то в уставе вашего ООО относительно отпуска генерального директора. Дело в том, что этот вопрос может быть отнесен к компетенции общего собрания участников.

Если вдруг так и есть, то нужно уведомлять второго участника и проводить собрание. Если в уставе ничего об этом не сказано, то руководитель вправе сам «отпустить себя в отпуск» и назначить на этот период временно исполняющего обязанности директора.