Добрый день!
Требования к оформлению документов для регистрации бизнеса содержатся в Приложении 13 к приказу ФНС от 31.08.2020 № ЕД-7-14/617@. Поле «Кем выдан» (имеется в виду удостоверяющий личность документ) заполняют согласно п. 13 Требований — об этом сказано в пп. 6 п. 39. Прямого указания на то, что нужно игнорировать знак «№», в требованиях нет.
Если в Вашем паспорте прописано, что он выдан «ТП №13 ОТДЕЛА УФМС РОССИИ...», то нужно так и писать, то есть вместе со знаком «№». В данном случае этот знак является частью наименования органа, выдавшего паспорт.