Дело в том, что решение о регистрации ИП в электронном виде направляется в адрес заявителя как раз самой налоговой инспекцией. Об этом сказано в статье 11 закона "О госрегистрации": В случае представления документов в регистрирующий орган через многофункциональный центр документы, связанные с государственной регистрацией, направляются регистрирующим органом в порядке, установленном абзацем первым настоящего пункта.

То есть, неважно, как вы подали заявление (через МФЦ или ИФНС) ответ придет от самой налоговой инспекции в те же самые сроки - не позднее одного рабочего дня, следующего за днем истечения установленного для государственной регистрации срока.

В МФЦ тоже направляется электронный документ, для того чтобы вы, по желанию, могли получить в центре бумажные документы о регистрации ИП. Вот как об этом написано в законе: "Кроме того, регистрирующий орган в установленный абзацем первым настоящего пункта срок направляет документы, связанные с государственной регистрацией, в форме электронных документов, подписанных усиленной квалифицированной электронной подписью, в многофункциональный центр. По запросу заявителя многофункциональный центр выдает заявителю (его представителю, действующему на основании нотариально удостоверенной доверенности и представившему такую доверенность или ее копию, верность которой засвидетельствована нотариально, многофункциональному центру) составленные многофункциональным центром на бумажном носителе документы, подтверждающие содержание электронных документов, связанных с государственной регистрацией, полученных многофункциональным центром от регистрирующего органа".