Здравствуйте! Каких-либо особенностей заполнения КУДиР именно для аптек нет. Книгу заполняют согласно правилам, установленным для применяемой системы налогообложения.
Фактически аптека – это розничный магазин, только продаются в нем не продукты или хозтовары, а лекарственные препараты и аналогичные вещи. Доходы – это поступление денег за реализованные лекарства. Но выручку по каждой операции, то есть по каждому чеку ККТ, вносить в КУДиР не нужно. Достаточно указать итоговую сумму выручки по кассовому аппарату на основании фискального отчёта о закрытии смены (Z-отчета).
Расходы (если применяется УСН 15%) можно учесть только если они входят в перечень из п. 1 ст. 346.16 НК РФ. Они должны быть экономически обоснованными и сопровождены подтверждающими документами. Например, можно учесть расходы на покупку всего того, что продается в аптеке, на аренду, на зарплату, на страховые взносы и т. д.