Здравствуйте!
Скорее всего, сведения об освобождении от НДС по какой-то причине не попали в информационную систему, которую использует сервис заполнения формы Р19001.
Рекомендуем обратиться в регистрирующий орган, в который должна быть направлена эта форма. Поскольку у вас есть подтверждение о принятии уведомления об освобождении от НДС, приложите его к обращению.
Одновременно отправьте запрос в свой налоговый орган, в который направляли это уведомление. Попросите проверить, отражены ли в базе сведения об освобождении от НДС, и при необходимости внести их внести.