Здравствуйте!
На момент назначения пособия Вы работаете по трудовому договору и не является застрахованным ИП. А значит, Вы имеете право на пособия по единственному основанию — как работница по найму. Пособия будут рассчитаны исходя из Вашего среднего заработка за два предшествующих календарных года (п. 1 ст. 14 закона 255-ФЗ). То есть будет учтена зарплата по трудовому договору.
Доход ИП не относится к зарплате и в расчете среднего заработка не участвует.
Если за нужные периоды у Вас не было заработка или его размер в пересчете на полный календарный месяц ниже МРОТ, то пособие назначат исходя из МРОТ.