Учредители назначают директора на этапе принятия решения о создании ООО - это должно быть отражено в протоколе. Поэтому трудовой договор с ним, действительно, следует заключить в день регистрации ООО.
Если в СЗВ-ТД стоит иная дата, то нужно внести исправление. Для этого подаётся отменяющая форма отчета: заполняется обычный бланк СЗВ-ТД; в первой строке таблицы полностью повторяется информация из прежнего отчета, а в графе 11 ставится знак "Х", означающий отмену этой информации; второй строкой приводятся правильные данные, в том числе в графе 2 - верная дата заключения договора с директором.