Дело в том, что в Приказе ФНС от 25 января 2012 г. N ММВ-7-6/25@, в котором указаны требования к заполнению форм, эта ситуация не описана. На практике нам известно, что г. Зеленоград, который входит в состав г. Москвы (аналогично г. Колпино в составе СПБ) в формах указывается.
Однако рекомендуем уточнять верное написание в самой регистрирующей ИФНС.