Здравствуйте!
Нет, учредитель не может просто “перевести” директора в заместители. Чтобы директор перестал быть руководителем, единственный учредитель должен принять решение о прекращении его полномочий и о назначении нового директора. Это решение должно быть оформлено у нотариуса. Если учредителей несколько, они проводят собрание, и на него также приглашают нотариуса (или собираются в нотариальной конторе).
После этого с новым директором оформляются отношения, а сведения о нем передаются в ЕГРЮЛ. Пока этого не сделано, в ЕГРЮЛ числится прежний человек, и именно он будет оставаться официальным руководителем для налоговой, кредиторов и т.д.