Здравствуйте!
Правила указания признака в п. 2 формы Р13014 описаны в п. 76 Раздела VI Приложения № 13 к приказу ФНС от 31.08.2020 № ЕД-7-14/617@. Признак “4” указывают, когда нужно исправить ошибку, допущенную в заявлении, на основании которого сведения об организации были внесены в ЕГРЮЛ. Ошибка подразумевается техническая — описка, опечатка, арифметическая ошибка и т. д.
Если ФНС отказала в регистрации, значит, на основании ошибочного заявления она ничего в реестр не внесла. Значит, указывать признак “4” оснований нет.
Поэтому нужно указать другой признак: “1” — если изменения вносятся в устав и ЕГРЮЛ; “2” — если изменения не затрагивают устав и вносятся только в ЕГРЮЛ.