Здравствуйте, одно и то же лицо, но в разных статусах, может подписать договор с обеих сторон. Указываете заемщиком ООО в лице генерального директора (действующего на основании...), а заимодавцем - физическое лицо, указав его паспортные данные.
Если вас эта ситуация почему-то смущает, от имени ООО по доверенности договор займа может подписать заместитель или бухгалтер.