Здравствуйте, налог на ЕНВД и ПСН рассчитывается на основании торговой площади, поэтому здесь обязательно должен быть магазин "на земле". Но обратите внимание - в статье сказано, что как таковой интернет-магазин не может работать на этих режимах, сайт должен выполнять только функцию витрины.
УСН прекрасно подходит для интернет-магазина, иметь реальную торговую площадь в этом случае необязательно.