Вы не указываете, за какой период сдавали декларацию. Однако, вы пишете, что долг уже выставили, т.е. имеется недоимка по налогу. Значит, можем предположить, что декларация сдавалась за 2017 год или более ранние периоды.
Нулевая ставка на УСН действует, если она применяется сразу с даты регистрации ИП, а вы уже какое-то время работали по ставке 6%. Не принять у вас уточненную декларацию налоговые органы не вправе, но вот будет ли признано обоснованным применение нулевой ставки - это спорный вопрос.
Рекомендуем по вашему вопросу обратиться на бесплатную консультацию по налогообложению https://www.regberry.ru/Besplatnaya-konsultatsiya-po-nalogooblozheniyu?u... или записаться на прием к вашему инспектору.