В данном случае ССЧ сотрудников за май будет равна 1, за июнь - 2. В отчете о ССЧ сотрудников для вновь созданных организаций необходимо будет указать среднесписочную численность на 1 число месяца, следующего за месяцем создания организации. Так как на 1 июня ССЧ сотрудников составила 1 человек, то указанное значение и отражаем в отчете.
Обратите внимание, что крайний срок сдачи отчета о ССЧ сотрудников для вновь созданных организаций - 20 числа месяца, следующего за месяцем, в котором организация была зарегистрирована. В вашем случае отчет об ССЧ необходимо было сдать до 20 июня.