Закон не запрещает ИП сотрудничать с самозанятыми гражданами. Степень родства и взаимозависимость этих двух лиц по отношению друг к другу значения не имеют.
Что же касается внимания налоговых органов, то ИФНС может проверить организацию или ИП, являющуюся единственным заказчиком или клиентом самозанятого. То есть, если жена-плательщик НПД будет работать только со своим мужем-ИП, налоговая может проверить этого ИП на предмет подмены трудовых отношений.