Здравствуйте! По закону ФНС выносит отказ в уменьшении стоимости патента в случае, если нарушаются требования пункта 1.2 статьи 346.51 НК РФ – об этом сказано в самом этом пункте. Среди таких требований не упоминается отсутствие отрицательного сальдо ЕНС. Полагаем, что налоговая не должна отказать только на основании того, что сальдо ушло в минус. Экономия на стоимости патента должна отразиться на ЕНС и уменьшить (перекрыть) отрицательное сальдо.
Добавим, что уведомление об уменьшении стоимости патента можно подавать несколько раз - ограничений нет. ИП ничего не теряет, подав его при отрицательном сальдо.