В налоговой вам ответили верно - уменьшить авансовый платеж можно только на ту сумму взносов, что уплачена в отчетном квартале. То есть, нельзя при расчете авансового платежа за 3 квартал учесть "остаток" за 2 квартал.

Основание этому есть в статье 346.21 НК РФ: "Налогоплательщики, выбравшие в качестве объекта налогообложения доходы, уменьшают сумму налога (авансовых платежей по налогу), исчисленную за налоговый (отчетный) период, на сумму:
1) страховых взносов на обязательное пенсионное страхование, обязательное социальное страхование на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством, обязательное медицинское страхование, обязательное социальное страхование от несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваний, уплаченных (в пределах исчисленных сумм) в данном налоговом (отчетном) периоде в соответствии с законодательством Российской Федерации".

Разница между взносами и авансом за второй квартал будет учтена при расчете единого налога за год, при условии, что у вас будет достаточный доход в 4-м квартале. В любом случае, если по итогам года в декларации по УСН окажется переплата по взносам, то вы можете либо вернуть ее, либо зачесть в счет будущих налоговых платежей. Для этого надо будет подать заявление в свою инспекцию.

Чтобы не переплачивать взносы в следующий раз, рекомендуем уплачивать их поквартально в сумме, которая не превысит рассчитанный авансовый платеж. По взносам не установлены обязательные ежеквартальные сроки, главное - внести всю годовую сумму не позже 31 декабря текущего года. Подробнее об авансовых платежах на УСН можно прочесть здесь https://www.regberry.ru/nalogooblozhenie/avansovye-platezhi-po-usn