Официально единственным регистрирующим органом в Москве является только 46-ая ИФНС, но на практике некоторые налоговые инспекции все-таки принимают документы и передают их на регистрацию в 46-ую налоговую. То есть, можно просто спросить об этом в ИФНС по будущему юридическому адресу.

Но есть еще один легальный вариант - подать документы на регистрацию в МФЦ. Большинство столичных центров эту услугу оказывают, подробнее читайте здесь https://www.regberry.ru/registraciya-ooo/registraciya-ooo-cherez-mfc