Здравствуйте! Если сотрудник подал заявление на увольнение по собственному желанию, и вы его уволили на основании п. 3 ч. 1 ст. 77 ТК РФ, то все в порядке. В данном случае увольнение произошло по инициативе работника. Вы вправе уволить его в любой день в течение двух недель с даты подачи заявления по собственному, в том числе и в день окончания патента.
Однако если компания увольняет иностранного гражданина на основании истечения патента (п. 5 ч. 1 ст. 327.6 ТК РФ), сначала нужно отстранить его от работы на срок до одного месяца по требованию ст. 327.5 ТК РФ. И только если в течение этого срока новый патент не предъявлен, работника нужно уволить.