Здравствуйте!
Лимит “не более 100 тысяч рублей в рамках одного договора” значит, что по одному договору, заключенному между субъектами бизнеса (ООО / ИП), общая сумма наличных платежей не может превышать 100 000 рублей. (п. 4 Указания ЦБ РФ от 09.12.2019 № 5348-У).​ Если ваше ООО заключило договор с ИП на ремонтные работы в офисе на 1 млн рублей, вы можете оплатить наличными деньгами только 100 тыс. рублей. Остальное — только по безналу.
Платить наличкой вообще не обязательно — стороны сами определяют удобный способ оплаты в договоре. Можно предусмотреть исключительно безналичный порядок.
ИП на НПД имеет право открыть расчетный счет, а также использовать для получения профессионального дохода свои личные счета (письмо Банка России от 19.12.2019 № ИН-014-12/94). Так что у ООО обычно не бывает сложностей с тем, чтобы заплатить ИП на НПД безналом.