Нам неизвестно о вступлении в силу каких-то новых документов для регистрации ООО. Полный перечень необходимых документов указан в статье 12 закона №129-ФЗ, вы можете сами убедиться, что он не изменился http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_32881/e03b477b891e429008d...
В решении об отказе в государственной регистрации ИФНС указывает причину, по которой ООО не зарегистрировано. Сотрудники юрфирмы должны были вам объяснить, с чем связан отказ.
Рекомендуем также обратиться по вашему вопросу на бесплатную консультацию профессиональных регистраторов https://www.regberry.ru/Besplatnaya-konsultatsiya-po-registratsii-biznes...