Здравствуйте, договоры между собой могут заключать плательщики разных налоговых режимов. Проблема может быть только в указании в договоре цены НДС в стоимости услуги или товара. Например, если ваш партнер работает на ОСНО, а вы все-таки перейдете на УСН, то он не сможет получить вычет по НДС. Но если окажется наоборот - вы останетесь на ОСНО, а ваш партнер на спецрежиме (УСН,ЕНВД,ПСН,ЕСХН), то это не критично. В принципе, контрагент, работающий с НДС, знает о правилах получения вычета, поэтому, скорее, он спросит вас о режиме, поскольку это вопрос его выгоды.
Но если вы абсолютно уверены, что подадите уведомление на УСН, то можете указывать в договоре, что вы являетесь плательщиком УСН, т.к. при подаче уведомления в течение 30 дней после регистрации вы признаетесь упрощенцем с даты регистрации ИП, а не с даты реальной подачи уведомления.