Добрый день, согласно п. 2 ст. 346.28 НК РФ, налогоплательщик, желающий применять ЕНВД, должен встать на учет по месту деятельности, кроме видов деятельности по перевозке, рекламы на транспорте, развозной или разносной торговле.
Если место деятельности совпадает с местом регистрации ИП, то вы будете состоять на учете только в одной налоговой инспекции, если же нет, то учитывать вас будут в двух налоговых инспекциях. Таких инспекций может быть и больше, если деятельность на ЕНВД будет вами вестись в разных муниципальных образованиях.