Добрый день, для перехода на УСН надо заполнять специальное уведомление, которое вы тоже можете заверить электронной подписью https://www.regberry.ru/nalogooblozhenie/kak-napisat-uvedomlenie-o-pereh... Срок подачи - 30 дней с даты регистрации или вместе с пакетом документов на регистрацию ИП.
Плательщики УСН регистрируются только по прописке ИП, т.е. сдавать декларации, платить налог и взносы вы будете в ИФНС Санкт-Петербурга. Вставать на учет в ИФНС Севастополя не требуется.
Обязанность вставать на учет в ИФНС по месту реальной деятельности установлена только для ИП на ЕНВД и ПСН.