При регистрации ООО в квартире требуется согласие собственников. Если квартира ваша, то, конечно, от вас получать согласие не надо. Что касается ребенка, то от его имени дает согласие законный представитель (родитель или опекун). Согласие заверяется нотариально, в присутствии ребенка и представителя.

Тот факт, что ребенок не прописан в квартире, значения не имеет, главное, что он - один из собственников. По поводу того, чье согласие из родителей требуется, в законе явно ничего не сказано. Но если провести аналогию с получением согласия при сделках с недвижимостью с участием совершеннолетних, то оно требуется от обоих родителей. Советуем уточнить этот вопрос в регистрирующей налоговой.