Вообще, странно, что согласие собственника в налоговой не запросили. Может, оно было, просто вы не в курсе? В любом случае волноваться причин нет. На квартиру, где прописан учредитель, тем более не приватизированную, никакого взыскания по долгам ООО произвести нельзя. Если ваша сестра своими действиями приведет фирму к банкротству, и судом будет доказана ее вина в этом (а это непросто сделать), то ее могут привлечь к субсидиарной ответственности, т.е. к выплате долгов ООО за счет личного имущества, но единственное жилье в любом случае не изымают. Но письма из фондов и ФНС будут приходить по адресу регистрации ООО.