Здравствуйте, по нашему опыту вероятность отказа при регистрации на ведомственное жилье высока. В то же время такая ситуация не противоречит статье 17 ЖК РФ "Допускается использование жилого помещения для осуществления профессиональной деятельности или индивидуальной предпринимательской деятельности проживающими в нем на законных основаниях гражданами, если это не нарушает права и законные интересы других граждан, а также требования, которым должно отвечать жилое помещение".
Рекомендуем перед подачей документов обратиться по этому вопросу в регистрирующую ФНС, здесь большую роль играет региональная специфика. Возможно, вам и разрешат.