Для начала можно написать заявление с просьбой вернуть госпошлину в налоговую, где вам отказали. Если получите отказ в возврате пошлины, то уже с ним и с отказом в регистрации ООО обратитесь в вышестоящий налоговый орган или в суд. Если регистрирующий орган проигрывает суд, то обязан возместить ущерб, причиненный нарушением порядка государственной регистрации, и судебные расходы заявителя.