Согласно статье 83(1) НК РФ организации должны вставать на налоговый учет по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения. Дополнительное требование сообщать в налоговую инспекцию обо всех обособленных подразделениях (в месячный срок) и об изменениях сведений о них (в трехдневный срок) установлено статьей 23(3) НК РФ.
Таким образом, при создании обособленного подразделения ООО должно:
сообщить об этом в свою налоговую инспекцию по форме № С-09-3-1, утвержденной приказом ФНС России от 09.06.2011 № ММВ-7-6/362@;
встать на налоговый учет по месту нахождения этого подразделения, если оно создано на территории, подведомственной не той налоговой инспекции, в которой зарегистрирован головной офис.
Налоговая инспекция по месту регистрации головного офиса, в которую было подано сообщение№ С-09-3-1, сама сообщает об этом факте в ФНС по месту нахождения созданного обособленного подразделении (ст. 83(4) НК РФ), то есть от ООО не требуется самостоятельно вставать на учет. Подробнее: https://www.regberry.ru/registraciya-ooo/obosoblennoe-podrazdelenie
То есть, вам нужно сообщить в свою налоговую в городе А.