Законы о страховых взносах (от 29.12.2006 № 255-ФЗ и от 15.12.2001 № 167-ФЗ) прямо указывают на необходимость выплат на пенсионное и социальное страхование всех работников, делая специальную оговорку о руководителях организаций, являющихся единственными участниками (учредителями). То есть, если директор получает зарплату по трудовому договору, то никаких исключений для него нет - и взносы, и удержание НДФЛ.
Взносами облагаются все полученные трудовые доходы. При наличии двух трудовых договоров в разных ООО взносы платят обе организации, НДФЛ тоже удерживается с двух мест работ на суммы двух зарплат соответственно. В таком случае надо учитывать еще и особенности оформления директора по совместительству https://www.regberry.ru/malyy-biznes/sovmestitelstvo-i-sovmeshchenie