Не заключать трудовой договор вправе только единственный учредитель, если он же является директором. В вашем случае заключение трудового договора с директором обязательно, но его можно направить в неоплачиваемый отпуск или оформить на неполный рабочий день. Среднесписочная численность зависит от количества работников, если второй учредитель не будет принят на какую-то должность в эту фирму по договору, то числиться будет только один директор (до найма других работников).