Здравствуйте, онлайн-подача заявления на регистрацию ИП должна подчиняться общим требованиям закона, а они таковы, что подписать заявление может доверенное лицо. Заявление, поданное онлайн, конечно же, должно быть подписано лично заявителем или доверенным лицом в налоговой, т.к. оно не идентично тому заявлению, которое подается за электронной подписью.
Однако, возможно, что при подаче заявления онлайн вы выбрали пункт о том, что подает документы заявитель лично, т. к. такой пункт есть в форме Р21001. В этом случае заявление придется подписать заявителю.