Здравствуйте, это зависит от налогового режима. Если вы выберете ЕНВД или ПСН, то кроме регистрации в Иркутске, надо встать на учет в налоговую по месту деятельности (Владивосток), т.е. подать туда заявление на эти режимы. Декларацию по ЕНВД сдавать в этом случае надо тоже по месту деятельности. На ПСН отчетности нет, но платить стоимость патента надо по месту деятельности.
На других режимах (УСН, ОСНО, ЕСХН) отчетность сдается только по месту регистрации ИП (Иркутск), независимо от того, где вы будете работать.
В фонды, независимо от режима, отчитываться будете по месту первичной регистрации ИП.